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單細胞外顯子組測序

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單細胞外顯子組測序

產品描述信息

           單細胞外顯子組測序是指運用MALBAC技術對單個細胞基因組進行擴增,結合序列捕獲技術,特制的探針將全基因組外顯子組序列捕獲并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。

 

 

產品詳細信息

1、運用MALBAC擴增技術,解決了基因組擴增對微量初始模板過大的擴增偏倚,使得單細胞中90%的基因組能夠被測序,樣品起始量可低至0.5pg;

2、通量高:每個樣本30X以上的數據產出量,海量數據用于分析;

3、覆蓋度高:能夠檢測到大于90%SNP

4、分辨率高:單堿基分辨率;

5、可檢測到基因組內較大的結構性變異及基因拷貝數變化等,可全面發掘新的和稀有的遺傳變異; 

6、可得到更加全面、可靠的基因變異信息;

7、數據偏差小、高均一性,真實反應樣本基因組信息。

取樣要求:做好記錄、避免污染、充分取樣.
          組織樣品必須是在手術切除后立即冷凍保存(液氮或-80℃),保存時間在一年之內;全血(或骨髓)樣品不少于5mL,需用抗凝采血管取樣和抗凝管分裝,并且在-80℃保存;
     細胞懸液或細胞系,需按照細胞凍存的標準操作,使用細胞凍存液梯度降溫保存于液氮或-80℃

       分離的單細胞樣品推薦使用PH7.2-7.41x PBS buffer (不含 Ca2+Mg2+,) 加上1%BSA細胞保存液保存,總體積不超過2 µL,立刻液氮速凍,干冰運輸。

  對于腫瘤樣品所取樣品大小建議為1-2cm3(過大不利于樣品的凍存,過小則不能滿足取樣用量),對難取樣或珍貴的標本,樣品大小至少5mm3

      癌癥病人單個外周血循環腫瘤細胞的外顯子測序

      在這項研究中,研究人員利用 謝曉亮教授研發出的MALBAC擴增技 術,首次報道了對于癌癥(cancer)病 人單個外周血循環腫瘤細胞的全基 因組、外顯子組測序結果,此項研 究對于揭示癌癥(cancer)轉移的分子 機制(Molecular Mechanisms)具有重 要意義,同時還為無創癌癥(cancer) 診斷提供了一種新的技術手段。 MALBAC技術具有基因組擴增均勻, 覆蓋率高等眾多優勢,從而使得研 究人員可以在單個細胞水平準確探 測全基因組基因拷貝數變異(CNVs) 和單核苷酸變異(SNVs)。

這是首次在CTC中觀察到的高度一致的拷貝數變異模式將會改變傳統上對腫瘤異質性的理解,揭示了特定的拷貝數變異在腫瘤形成及轉移中發揮了重要的作用
X.Sunny Xieet al ,PNASNov. 5 , 2013 

      研究人員通過分析肺腺癌患者和小細胞肺癌患者的循環腫瘤細胞,檢測到與癌癥發生發展相關密切的原癌基因和抑癌基因上的重要單核苷酸變異和插入/缺失。

      這表明血液中的腫瘤細胞盡管存在遺傳特性的差異但是同一位患者的癌細胞中遺傳變異存在相似性,甚至在同一類型的幾名肺癌病人 中間表現出了相似性。

      這是首次在CTC中觀察到的高度一致的拷貝數變異 模式,將會改變傳統上對腫瘤異質性的理解,揭示了特定 的拷貝數變異在腫瘤形成及轉移中發揮了重要的作用。

[1] Ni X., Zhou M., Su Zhe, Duan J., et al. Reproducible copy number variation patterns among single circulating tumor cells of lung cancer patients.PNAS,Nov.5,2013.

[2]Ni, Y., Song, L., Zhu, P., Zhang, B., Tao, Y., Xu, X., Li, F., Wu, K., Liang, J., Shao, D., et al. (2012). Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm. Cell 148, 873-885.

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